尽管甘平柑橘定位高端，品质优良，但是这个品种本身的缺点也不少：

裂果严重，甘平果皮较薄，这是它的优点，但更是个缺点，甘平的薄皮使它特别容易裂果，这是甘平**的品种缺陷；

抗寒性较差，甘平柑橘成熟期在1-2月中旬，越冬时节气温低，如果不在设施内栽培，低温会导致甘平上色不佳，糖分积累不够，酸度也降不下来；

大小年明显，甘平种植三年后投产，株产3-5公斤，往后逐年进入丰产期，了解到的产量**可亩产8000斤左右，但是高产量对树体负担极大，次年开花坐果较差；

果实过大，甘平的果实很容易过大，很容易形成浮皮果，而且暂无数据表明果实大小是否与裂果有关，所以难以通过人工的方式判断果实大小是否合适。